除了准妈妈外，人们对于准爸爸服药是否会对胎儿造成影响也存在争议。

服药会对胎儿造成影响

认为有影响的观点是因为某些药物进入睾丸后会随精液排出，而精液中的药物进入阴道后会被阴道黏膜吸收，进入孕妇的血液，使受精卵或胎儿的发育受到损害。吗啡和环磷酰胺就可通过上述途径进入孕妇血液，引起胎儿体重减轻甚至畸形，甚至会增加新生儿死亡的机会。

还有一些药物如丝裂霉素、环磷酰胺等会降低精子的质量，导致受孕质量下降，影响后代的发育。

服药不会对胎儿造成影响

也有观点认为，准爸爸服药对胎儿没有影响。因为成年男性一次射精可产生5亿个精子，经过女性阴道、输卵管与卵子结合前已经有大量精子死亡。

最后有一个精子经过2万次的摆尾动作后，和卵子结合，该精子很大概率是颗优秀的精子，因为不健康的精子很难到达输卵管与卵子结合，所以影响不大。至于胚胎形成以后，准爸爸服药就与胎儿发育没有关系了。

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